Heilsufar á eldisfiski á Íslandi er gott og svo gott að flutt hafa verið út seiði til Noregs. Notkun lyfja og annarra efna er stranglega bönnuð í íslensku fiskeldi. Í þeim undantekningartilfellum sem meðhöndla þarf eldisfisk er slíkt einungis gert í kjölfar sjúkdómsgreiningar og undir handleiðslu dýralækna fisksjúkdóma hjá MAST. Smáseiði eru bólusett áður en þeim er komið fyrir í sjókvíum eða áframeldi, en langflest dýr sem eru alin til manneldis í sjó eða á landi fá einhverskonar bóluefni til að hindra að þau sýkist í villtri náuttúru. Á hverju ári er tekinn fjöldi sýna úr sláturfiski til að sýna fram á hreinleika afurðanna. Á liðnum áratugum hafa aldrei komið fram sýni sem vakið hafa grunsemd um lyfjainnihald.

Lúsalyf hafa aldrei verið notuð í íslensku fiskeldi. Hin skaðlega laxalús á erfitt uppdráttar við íslenskar aðstæður vegna lágs hitastig sjávar. Þá er laxeldi bannað á svæðum nálægt helstu farleiðum villtra laxa sem dregur úr náttúrlegu smiti. Til að tryggja enn frekar mótvægi við smiti, byggir stefna LF og stjórnvalda á kynslóðaskiptu eldi og hvíld eldissvæða sem dregur úr áhættu á að laxalús nái sér á strik á þeim svæðum sem eldi er stundað.