Umhverfisvottanir eru fiskeldinu, líkt og öðrum matvælaframleiðslugreinum, mjög mikilvægar.  Ljóst er að fyrirtæki sem starfa í jafn nánu samspili við umhverfið og íslensk fiskeldisfyrirtæki gera, munu hafa það að markmiði sínu að lágmarka áhrif af starfsemi sinni á umhverfið.  Á það bæði við um bein áhrif, s.s. af losun úrgangs eða frárennslisvatns en ekki síst um almenna starfshætti og þá ímynd hreinleika sem Ísland gefur af sér í hugum hins almenna neytanda matvæla í heiminum.   Þannig geta farið saman fyrirmyndar starfshættir, öryggi umhverfisins og markaðssetning hreinleika í afurðum fiskeldisstöðva á Íslandi.  Flestar þeirra starfa nú í samræmi við slíkar vottanir og sækja þannig inn á dýrari markaði með sínar afurðir.  Vottunarfyrirtæki taka út starfsemina og eru harður húsbóndi fyrir eldisfyrirtækin.  Þetta skilar sér í heilbrigðari atvinnugrein þar sem umhverfisáhrif eru mjög vel vöktuð enda beinn hagur fyrirtækjanna fólginn í viðhaldi vottananna.

Helstu vottanir sem íslensk fiskeldisfyrirtæki starfa nú eftir eru:

ASC – Aquaculture Stewarship Council

IMO – International Marketing Organization   Vottar m.a. fyrir Whole Foods matvælakeðjuna

AquaGAP

BAP – Best Aquaculture Practice